La isla de Rodas desempeña un papel importante en la acogida de algunas de las familias migrantes más pobres. Además de Rodas, Chipre es un lugar particularmente crítico que necesita ayuda: alambre de púas, muchas barreras y una zona de amortiguación vigilada por soldados de la ONU separan a la República de Chipre del resto del territorio de la isla, que ha estado controlado por Turquía desde 1974.
En Rodas Pro Terra Sancta colabora con los franciscanos de la zona en la distribución de alimentos y medicinas a los más vulnerables: durante el año ayudó a más de 2000 familias a través de la distribución de paquetes de alimentos y kits de medicamentos, para un total de unos 700 paquetes cada semana. Se presta especial atención a los niños y jóvenes, a quienes se les da la oportunidad de asistir a actividades recreativas y pastorales, así como la oportunidad de recibir juguetes y útiles escolares.
En Chipre, un lugar rico en historia y hallazgos arqueológicos, la presencia franciscana es fundamental para frenar la pobreza y el abandono. Los frailes de la Custodia llevan a cabo aquí numerosas actividades sociales y asistenciales: apoyar el Centro Social de San José el Migrante, en Nicosia, que acoge a los migrantes extranjeros y les ofrece cursos de idiomas y formación; han activado el Terra Sancta College de Nicosia, la escuela más antigua de la isla, y el Refugio de San Francisco, un servicio de comedor social dentro de la parroquia de Limassol; También en Limassol, apoyan la Escuela de Santa María, dirigida por las Hermanas Franciscanas del Sagrado Corazón, que también han creado la Casa de Descanso Terra Sancta, una casa de retiro para ancianos activa en Larnaca. Todas estas actividades cuentan con el apoyo de Pro Terra Sancta, en un intento de aliviar la separación que aflige al pueblo de Chipre, y de ofrecer asistencia y educación a todos los habitantes de la isla.